De Koepelkerk werd vanaf het begin de kerk van de Gele Rijders. De Gele Rijders waren de soldaten van de rijdende artillerie uit de Willemskazerne. Toen de kerk werd opgeleverd werd deze in gebruik genomen door de Kerk van de Nederduitsch Hervormde Gemeente. Pas in 1961 kwam het gebouw in vrijgemaakte handen; de Vrijgemaakt Gereformeerden hadden zich afgescheiden van de Gereformeerden omdat die vonden dat kinderen direct na hun geboorte niet van God waren. Tot op de dag van vandaag is de Koepelkerk een Gereformeerd vrijgemaakte gemeente.
Afscheiding Nederlands Gereformeerden in 1967
In 1967 kwam er een scheuring in de kerken (de ‘Buitenverbandkwestie’ ). De afscheiding van de vrijgemaakten werden de Nederlands Gereformeerden. In de Koepelkerk werd ds. W. Scheele afgezet door de toenmalige kerkenraad. In Arnhem hebben de Nederlands Gereformeerden samen met de Christelijk Gereformeerden de Kruiskerk in gebruik. De gemeenteleden van de Koepelkerk en die van de Kruiskerk herkennen elkaar als broers en zussen in de Heer. Vanaf 2014 worden regelmatig gezamenlijke diensten gehouden en ook de kerkenraden voeren gezamenlijk overleg met elkaar.
Nederlandse Gereformeerde Kerken 2023
Per 1 mei 2023 zijn de Nederlands Gereformeerde kerken en de Gereformeerde Kerken vrijgemaakt (waar de Koepelkerk onder valt) landelijk gefuseerd. Zie ook de website van de NGK.
Hierdoor behoren de Kruiskerk (Arnhem Zuid) en de Koepelkerk tot het kerkverband met de nieuwe naam: Nederlandse Gereformeerde Kerken. De Kruiskerk en Koepelkerk hebben nog hun eigen kerkdiensten.