Vijftiende eeuw
In 1425 werd de stad getroffen door een grote brand, waarbij de Sint-Janskerk gedeeltelijk werd beschadigd. Op kosten van de stad werd de schade aan de kerk hersteld. Tegelijkertijd werd de kerk uitgebreid met een koor en transept in gotische stijl. 1470. De kerk is opnieuw opgebouwd. Nu met twee karakterisieke torens en een opvallend ruim toegangsportaal.
Ondergang van de St. Janskerk
Ruim 300 jaar is de St. Janskerk oud nu. In 1795 is er echter een zeer grote brand waarbij de kerk zwaar beschadigd wordt. Helaas is er geen geld om de schade van de brand te restaureren. Al snel vervalt het gebouw steeds verder. Deze klap komt het niet meer te boven …
Sloop in 1817
Uiteindelijk werd de kerk in 1806 voor 30.000 gulden in erbarmelijke staat aan de gemeente Arnhem afgestaan om op die locatie de hervormde kerk te huisvesten. In 1817 werd de bouwvallige St. Janskerk (restant van het complex van de Commanderie van Sint-Jan) op het Jansplein afgebroken. Dit was het einde van de Janskerk. Nadien werd hier de Koepelkerk gebouwd.