In 1841 bouwde Carl Friedrich August Naber een mechanisch sleepladen-orgel voor de Koepelkerk. Het instrument had oorspronkelijk 12 stemmen verdeeld over twee manualen en een aangehangen pedaal. De speeltafel zat oorspronkelijk aan de achterzijde, in 1864 werd deze verplaatst naar de rechterzijkant. Om ruimte te maken voor het vrije pedaal werd het Bovenwerk als Onderpositief in de kas geplaatst, het Pedaal kwam op de plek van het Bovenwerk. De pedaallade was pneumatisch later is dit elektrisch gemaakt, het werk is mogelijk uitgevoerd door Leichel. De firma Maarschalkerweerd bracht de volgende wijzigingen aan. De Dulciaan werd omgebouwd tot Clarinet en er werd een Voix Celeste geplaatst op een kantsleep.
Schade in WOII
Kerk en orgel hebben forse schade opgelopen in de Tweede Wereldoorlog, herstel vond plaats in 1948. De firma Sanders herstelde het orgel met als uitgangspunt het oorspronkelijke Naber-orgel.
In 1958 kocht de Gereformeerde Kerk vrijgemaakt het gebouw. In 1973 was de staat van het orgel slecht, het stond toen ook niet op de Monumentenlijst. Het orgel is door vrijwilligers gerestaureerd en werd in 1978 opgeleverd, het instrument is hersteld in de stijl van Naber en werd weer opgenomen op de Monumentenlijst.
De Trompet 8′ en de Flute Travers werden nieuw gemaakt naar voorbeeld van het orgel in de Hervormde kerk te Warnsveld, de Dulciaan 8′ werd gemaakt naar voorbeeld van het instrument in de Sint Joriskerk in Amersfoort. De Sexquialter is gehandhaafd.
Verbeteringen aan het orgel in 1933
In 1933 verving de Firma de Koff de Clarinet door een Hobo. Het orgel is uitgebreid met een Sexquialter en de samenstelling van de Mixtuur werd gewijzigd.